La flora de Morelos es notablemente variada, debido a las características climáticas y biogeográficas que se presentan, así como otros complejos factores históricos y fisiográficos. Tal diversidad llamó la atención de Cronistas desde la Conquista hasta la fecha. Sin embargo, una revisión cuidadosa de los eventos históricos nos muestra lo doloroso qué son las pérdidas de tan valioso patrimonio por falta de recursos, interés y comprensión.
Ante esta situación el docente Rafael Monroy Martínez funda, en el año de 1979, el Jardín Botánico, con los objetivos de exhibir y propagar de la flora del Estado de Morelos y con el fin de ser una fuente permanente de información, haciendo útil la colección viva en el conocimiento sistemático de la flora de Morelos, promoviendo la formación de taxónomos entre los alumnos y maestros, apoyar las prácticas de campo de las materias de Ecología, Botánica, Recursos Naturales y Biologías de campo y propagar las especies en peligro de extinción con el fin de evitarla.
Actualmente el jardín botánico cuenta con más de 100 especies de flora en una superficie de 4 hectáreas que fueron donadas en su momento por los comuneros de Chamilpa, donde ahora los estudiantes hacen prácticas profesionales, recorridos y cursos de verano para fomentar la educación ambiental.